หลังจากตกชั้นไปเล่นในดิวิชั่น 2 ในปี 1996 แมนเชสเตอร์ ซิตี้ ก็เปลี่ยนแปลงการบริหารอีกครั้งโดยได้ เดวิด เบิร์นชไตน์ นักธุรกิจชาวอังกฤษเข้ามาเทคโอเวอร์สโมสรในฐานะเจ้าของทีมคนใหม่ ซึ่งทำให้พวกเขามีฐานะทางการเงินที่ดีขึ้น แต่ก็ยังคงวงเวียนอยู่ในลีกระดับล่าง

อย่างไรก็ตาม ในฤดูกาล 2000-01 แมนฯ ซิตี้ ภายใต้การคุมทัพของ โจ รอยล์ ทำผลงานยอดเยี่ยมจนเลื่อนชั้นกลับสู่พรีเมียร์ลีกได้สำเร็จ แต่ในสภาวะที่ทีมกำลังฟื้นตัวนั้น ก็ถือเป็นข้อพิสูจน์อย่างชัดเจนว่า พวกเขาไม่สามารถอยู่รอดในลีกสูงสุดเมืองผู้ดีได้อย่ามั่นคง และพลพรรค “เรือใบสีฟ้า” ต้องตกชั้นอีกครั้งในซีซั่นดังกล่าว

แมนเชสเตอร์ ซิตี้ กับการตกชั้นครั้งสุดท้าย

ในฤดูกาล 2001-02 แมนฯ ซิตี้ ประกาศแต่งตั้งให้ เควิน คีแกน เข้ามาคุมทัพแทน รอยล์ ซึ่ง คีแกน ก็ไม่ทำให้บอร์ดบริหารต้องผิดหวังหลังพา “เรือใบสีฟ้า” คว้าแชมป์ดิวิชั่น 1 รวมถึงสร้างสถิติพาทีมเก็บคะแนนมากที่สุดในฟุตบอลลีก และการทำประตูมากที่สุดใน 1 ฤดูกาล

ซีซั่น 2002-03 แมนฯ ซิตี้ หวนกลับสู่ลีกสูดสุดได้อีกครั้ง และพวกเขาก็ยังไม่ตกชั้นอีกเลยนับตั้งแต่นั้นมาจนถึงปัจจุบัน ซึ่งในฤดูกาลดังกล่าว ยังเป็นปีที่ “เรือใบสีฟ้า” เล่นที่สนาม เมน โร้ด เป็นปีสุดท้าย โดยมีเกมในความทรงจำคือ เปิดบ้านเอาชนะ แมนเชสเตอร์ ยูไนเต็ด 3–1 ยุติช่วงเวลา 13 ปีติดต่อกันที่ไม่ชนะในศึก “แมนเชสเตอร์ ดาร์บี้แมทช์” รวมถึงผ่านเข้าไปเล่นในฟุตบอลยุโรปเป็นครั้งแรกในรอบ 25 ปี

หลังอำลาสนาม เมน โร้ด แมนฯ ซิตี้ ก็ย้ายไปสู่รังเหย้าแห่งใหม่คือ ซิตี้ ออฟ แมนเชสเตอร์ สเตเดี้ยม แต่ทีมก็ยังไม่มีผลงานเป็นชิ้นเป็นอันมากนัก ซึ่งในช่วง 4 ซีซั่นแรกที่สนามแห่งใหม่ นั้น พลพรรค “เรือใบสีฟ้า”ทำได้เพียงประคองตัวจบอันดับกลางตารางเท่านั้น

ในเดือนมีนาคมปี 2005 คีแกน ก็โดนปลดจากตำแหน่งหลังทำผลงานไม่กระเตื้อง และ แมนฯ ซิตี้ ก็เลือก สจ๊วร์ต เพียร์ซ อดีตนักเตะของทีมเข้ามาทำงานแทน โดยตลอด 2 กับทีมนั้น เพียร์ซ ก็ยังทำผลงานลุ่มๆดอนๆ

ภายใต้การคุมทีมของ เพียร์ซ นั้น แมนฯ ซิตี้ ยังคงเป็นทีมกลางตารางที่ไม่ได้ลุ้นทำอันดับไปเล่นฟุตบอลยุโรป หรือแม้แต่ลุ้นคว้าแชมป์ฟุตบอลถ้วยภายในประเทศ ซึ่งพลพรรค “เรือใบสีฟ้า” เน้นไปที่การประคองตัวอยู่รอดในลีกเป็นหลัก

ขณะเดียวกัน จากฟอร์มการเล่นที่ไม่สม่ำเสมอ และไม่ใช่ทีมที่น่าตื่นเต้นในสไตล์การเล่นมากนัก จึงทำให้ แมนฯ ซิตี้ ไม่ได้เป็นปลายทางของนักเตะชื่อดังหลายๆคน รวมถึงพวกเขายังต้องเจอวิกฤตด้านการเงินภายในสโมสรอีกครั้ง

การเปลี่ยนแปลงครั้งใหญ่

ในปี 2007 แมนฯ ซิตี้ ต้องประสบปัญหาด้านการเงิน ซึ่งทำให้พวกเขาพิจารณาให้ ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรีของประเทศไทย เข้าเทคโอเวอร์ และดำรงตำแหน่งประธานสโมสร ก่อนจะประกาศแต่งตั้ง สเวน โกรัน อิริคสัน โค้ชชาวสวีเดน เขามาเป็นนายใหญ่คนใหม่ และนับเป็นกุนซือต่างชาติคนแรกของสโมสรอีกด้วย

นอกจากเปลี่ยนตัวผู้จัดการทีมแล้ว ทักษิณ ยังลงทุนเสริมทัพให้กับ แมนฯ ซิตี้ ไปหลายล้านปอนด์ด้วยการคว้านักเตะฝีเท้าดีอย่าง เอลาโน่ และ โจวานนี 2 แนวรุกบราซิเลียน, โรลันโด้ เบียงคี หัวหอกชาวอิตาเลียน, มาร์ติน เปตรอฟ ปีกซ้ายชาวบัลแกเรีย, เวดราน ชอร์ลูก้า กองหลังชาวโครแอต และ ฮาเวียร์ การ์ริโด้ แบ็คซ้ายชาวสเปน

ขณะเดียวกัน ยังมีนักเตะชื่อดังอีกหลายรายอาทิ เบนจานี เอ็มวารูวารี, เกลสัน แฟร์นานเดส, วาเลรี โบยินอฟ, เนรี กัสติโญ และ เฟลิเป้ ไซเซโด้ รวมถึง 3 นักเตะทีมชาติไทยอย่าง เกียรติประวุฒิ สายแวว, สุรีย์ สุขะ และธีรศิลป์ แดงดา แต่พวกเขาไม่มีโอกาสลงช่วยทีมเลยแม้แต่นัดเดียว เนื่องจากติดปัญหาเวิร์คเพอร์มิต หรือใบอนุญาตทำงาน

อิริคสัน ทำผลงานได้เป็นอย่างดีในช่วงแรก แต่อดีตผู้จัดการทีมชาติอังกฤษกลับพา แมนฯ ซิตี้ ฟอร์มหลุดไปดื้อๆ ในช่วงกลางฤดูกาลจนไม่ได้ลุ้นอะไรเป็นชิ้นเป็นกันนัก และในช่วงซัมเมอร์เขาก็โดนปลด และ มาร์ค ฮิวจ์ส กุนซือชาวเวลส์ก็เข้ามาแทนที่ในปี 2008

ขณะเดียวกัน มันเป็นช่วงเวลาเดียวกับที่ ทักษิณ มีปัญหาคดีความทางการเมืองของทักษิณทำให้การบริหารสโมสรต้องหยุดชะงัก และก็ต้องขาย แมนฯ ซิตี้ ให้กับ กลุ่มทุนอาบูดาบี (Abu Dhabi United Group Investment and Development Limited) นำโดย ชีค มานซูร์ จากสหรัฐอาหรับเอมิเรตส์ ด้วยมูลค่ามหาศาลถึง 210 ล้านปอนด์เลยทีเดียว

หลังจาก กลุ่มทุนอาบูดาบี เข้ามาเทคโอเวอร์ แมนฯ ซิตี้ ในปี 2008 นั้น มันถือเป็นจุดเริ่มต้นของการเป็นหนึ่งในทีมมหาเศรษฐีแห่งวงการฟุตบอลยุโรปมานับแต่นั้น และเป็นการปูทางพาพลพรรค “เรือใบสีฟ้า” ไปสู่ความยิ่งใหญ่อย่างแท้จริง